სააქრთველოს ეროვნული მუზეუმი თანამშრომლობს შემდეგ ორგანიზაციებთან:

სმითსონის ინსტიტუტიბარსელონას უნივერსიტეტი
ალ. დიუმას სახელობის ფრანგული კულტურის ცენტრიგოეთეს ინსტიტუტი
ი. ჭავჭავაძის სახელმწიფო უნივერსიტეტი
ქ. თბილისის მერიასაქართველოს ტურიზმისა და კურორტების დეპარტამენტი
თბილისის ბოტანიკური ბაღი
ბოტანიკის ინსტიტუტი
ზოოლოგიის ინსტიტუტი
სტუდია მილოუ არქიტექტურა

დონორები

სააქრთველოს ეროვნული მუზეუმი დიდ მადლიერებას გამოხატავს დონორი ორგანიზაციების მიმართ:

ევრაზიის ფონდი
აშშ-ს საელჩო საქართველოში
BP Georgia
UNESCO
საფრანგეთის საელჩო საქართველოში
გერმანიის საელჩო საქართველოში
ფონდი ღია საზოგადოება საქართველო
სორიას ჰერცოგთა ფონდი
სახალხო უნივერსიტეტთა გერმანული ასოციაციის საერთაშორისო
თანამშრომლობის ინსტიტუტის (dvv international)